Описательные: эксперимент, анализ, наблюдение, описание.
Инструментальные: микроскопия, узи, центрифугирование, хроматография, метод меченых атомов и др
Исторические: это все что касается археологии, раскопок и палеобиологии.
Есть ещё частные методы для субдисциплин, например, генетические.