Гепатит С известен тем, что имеет 11 генотипов и более 100 субтипов. Наиболее распространены во всем мире первые три генотипа. Остальные встречаются только в определенных районах Азии, Африки, Индии. Постоянно ученые открывают новые генотипы, поскольку вирус гепатита С склонен к мутациям. В РФ чаще всего встречаются генотипы 1 и 3, немного реже — генотип 2. Из субтипов наиболее распространены 1a, 1b, 3a.
Условно доктора классифицируют субтипы по распространенности на определенных территориях: 1а — американский, 3a — азиатский, 1b — японский.