Если без банальностей в виде «Простоквашино» и «Падал прошлогодний снег», то, возможно, советские работы, например, Владимира Тарасова. Да и вообще мультфильмы, которые отражали взгляды советских режиссёров, писателей (читай: сценаристов) на научную фантастику. Там довольно много интересных вещей не только в плане идей, но и визуально. Тот же «Перевал» Тарасова — удивительный мультфильм, который отчасти коррелирует со всем известной «2001: A Space Odyssey» Кубрика.
В общем, покопать в эту сторону определённо стоит.
Из чисто русских, а не советских, мне нравятся мультфильмы "Карлик Нос", "Князь Владимир" и "Буревестник". Вроде "Волки и Овцы" ещё ничего, но до конца я их не смотрела, только отрывок в телевизоре зацепила.