Здесь небольшая путаница с понятиями. Следствие чаще всего имеет дело не с заключёнными, а с подозреваемыми и обвиняемыми, с уже заключёнными - ситуация несколько иная и о ней чуть позже. Сначала о подозреваемых и обвиняемых.
В их случае пытки делятся на психологические и физиологические. Физиологические - могут быть от очень простых до крайне изощренных (от простых побоев и уже заезженных телефонных справочников, до чего-либо из методов НКВД (это можно погуглить или почитать у Солженицына - паяльники, длинные палки и так далее).
Психологические - менее заметны внешне, но иногда даже более действенны: от угнетения и унижений, до простого, но очень действенного «разговора» с убеждением, обманом (можно опять-таки узнать из какого-нибудь «Архипелага ГУЛАГа»).
В обоих случаях, главное не перегнуть - чтобы самому не оказаться под обвинением.
С заключёнными ситуация несколько иная - побои на них легче объяснить, психологическое состояние их - итак достаточно негативное. Пытки в отношении их примерно те же, плюс - все что можно осуществить манипуляцией окружающей средой - перемещением в менее щадящие условия, карцер и тому подобное.