На данный момент используем функционал Яндекс Трекера. Если интересно, то я вот здесь описывал то, как работает таймер в трекере.
Рекомендую рассмотреть Kaiten. Это российский сервис для совместной работы команд, где все процессы компании в одном месте: проекты, задачи, цели, сотрудники, документы, переписки, отчеты, заявки.
Почему «Сбер», «Альфа-Банк»... Читать далее
Здравствуйте! Используем CRM-систему Аспро.Cloud + таск-трекер Аспро.Agile. Про последний сервис можете подробнее изучить в моем недавнем посте :)
Jira (заведение и оценка задач) + ее настройки Tempo, Structure (для планирования)
В своих проектах я всегда использовал связку MS Project - Task Tracker.
В качестве task tracker были разные, но чаще всего Redmine. Он бесплатный, и очень мне нравится.