Ответ - "42"
(с) Автостопом по галактике
Для корректного ответа требуется уточнение вопроса - онтология чего?
Если имеется ввиду "онтология всего", то ответ - "42". Если онтология конкретной предметной области - ответ будет соответствующим данной предметной области. Если имеется ввиду онтология как научная дисциплина, то у нее две основные проблемы (как и у других наук) - проблема различения и проблема интепретации (классификации)
К основным проблемам относят: сущность и происхождение бытия, материи и ее основным формам, сознание и ее формы, свзаимоотношении сознания и материи, и завершается все это заключительным этапом сознательное и бессознательное.