Какие принципиальные логические возражения против теории Дарвина не преодолены и ставят её под сомнение?

Совсем общий ответ. Настоящая теория Дарвина была сформулирована лет сто пятьдесят назад. Как и любая теория, то есть модель, она ответила на множество вопросов об изменении видов живых существ со временем. Однако Дарвин, например, не мог объяснить, как именно происходит наследование. Генетики тогда практически не существовало. Не было и представления о мутациях. У Дарвина даже была гипотеза о неких тельцах, которые собирают информацию о состоянии организма - а потом пробираются в половые клетки и делятся с ними сведениями. Так что в его представлении приобретенные признаки весьма наследовались.

Шли годы, и факты заставляли эволюционную теорию меняться. Генетика, биохимия, исследования популяций живых существ, палеонтологические находки - всё это рождало новые предположения, и в серьезных спорах рождались новые взгляды. Как и всегда с теориями, что-то новая система превосходно описывала - а на чем-то спотыкалась.

Где-то в середине XX века научное сообщество приняло СТЭ - синтетическую теорию эволюции. Это примерно то, чему нас учили в школе. Дарвин бы весьма удивился, почитав наши учебники. Четкое понимание того, что приобретенные признаки не наследуются, что нет никакой связи с генами половых клеток (вейсмановский барьер), что вся эволюция это процесс сверхдолгого накопления микроскопических мутаций, а потом их отбора - вот та четкая картина, альтернативы которой, вроде бы и не было.

Но опять же, в научном мире любая теория это только временная модель. Противоречия накопились и здесь. Странные факты передачи по наследству вроде бы приобретенных признаков - за счет подавления некоторых генов, необычное возникновение одинаковых признаков в разных местах планеты - вроде перьев у динозавров - и другие не вписывающиеся в стройную СТЭ факты стали причиной вопросов, сомнений и проектов пересмотра теории. Появилась, например, эпигенетическая теория эволюции, которая весьма популярна, но не нашла пока всеобщего признания.

Это нормальный процесс. Когда-нибудь научное сообщество сойдется в новой модели, которая подтянет явно выбивающиеся "хвосты" - а потом вылезут новые, и в дискуссиях родится что-то следующее.

Так что: 1) теория эволюции давно уже не дарвиновская; 2) противоречий в современной теории довольно много, и это повод не отменять теорию, а растить следующую.

Надеюсь, в этом вопросе нет предположения, что эволюции нет, и что все современные виды были в один момент сотворены несколько тысяч лет назад - сразу вместе с окаменелостями более древних видов :)

Рекомендую непростую, но завораживающую статью Дмитрия Шабанова "Каким будет третий синтез в теории эволюции?": bit.ly

Еще советую посматривать прекрасный сайт о происхождении человека: antropogenez.ru. Например, там есть отличная статья-таблица "13 мифов об эволюции человека": antropogenez.ru

Дорогая редакция, пригласите ответить на этот вопрос Маркова, Дробышевского или Шабанова - и вот они-то зажгут по-настоящему.