Из неочевидных прототипов героев комиксов мне известны:
Тинтин — Палле Хулд. Палле было 15, когда он начал своё кругосветное путешествие в 1928 г. Вернулся маленький герой под шум и овации двадцатитысячной толпы в Копенгаген спустя 44 дня. По условиям конкурса, который он выиграл, было дано 46 дней на то, чтобы обогнуть земной шар. Так, Хулд побывал в Англии, Шотландии, Канаде, Японии, Корее, Китае, СССР, Польше, Германии и других странах. Позже Палле написал книгу о своём путешествии. Также он послужил прототипом известного бельгийского пероснажа Тинтина в комиксах «Приключения Тинтина». Создал персонажа художник Эрже.
Харли Квинн — Арлин Соркин. Создатель персонажа Пол Дини, взял за основу для Харли образ Арлин Соркин — американской телеактрисы, сценариста, телеведущей и комика. Она известна по роли Каллиопы Джонс Брэдфорт в мыльной опере «Дни нашей жизни», от которой остался в большом впечатлении Пол, впоследствии и придумавший девушку Джокера. Интересно, что Арлин озвучивала Харли Квинн в мультсериале «Бэтмен», а также в сиквеле «Новые приключения Бэтмена».
Дарксайд — Адольф Гитлер. Один из самых могущественных персонажей вселенной «ДиСи» Дарксайд, был создан культовым комиксистом Джеком Кирби. Американский актёр Джек Пэланс выступил образом для внешности злодея. Однако мотивы и действия Дарксайда списаны именно с Адольфа Гитлера.
И ещё. В вопросе вы приводите примеры плохих и хороших прототипов. Мне кажется это деление странным. Например, «Халк — Джекил/Хайд» не совсем очевидно и провести связь между ними сложно. Особенно людям, которые не читали «Странную историю доктора Джекила и мистера Хайда». Слишком много отличий между этими персонажами как визуальных, так временных и т.д. Всё-таки это личностное восприятие.
Также приведу и очевидные примеры, кажущиеся мне не менее интересными:
Джокер — Конрад Фейдт. Известнейший злыдень всех комиксов за все времена Джокер, своему появлению обязан знаменитому немецкому актеру ХХ века Конраду Фейдту. Именно роль Конрада в «Человеке, который смеётся» 1928 г. вдохновила автора комиксов Билла Фингера и художника Боба Кейна на создание Джокера. Точнее, комиксисты остались в восторге от неподвижной усмешки и клоунского вида Фейдта в роли Гуинплена и просто не смогли устоять перед идеей создания самого злейшего врага Бэтмена.
Люцифер — Дэвид Боуи. Автором персонажа является Нил Гейман — английский писатель-фантаст, автор графических романов и комиксов, сценариев к фильмам. Нил решил пересмотреть образ Сатаны и придал ему обаятельного шарма. Люцифер появился в 1989 г. в «Песочном человеке» как второстепенный персонаж. Детище Геймана имеет черты культового британского рок-певца. И, честно, узнать его в персонаже очень легко.
Джона Джеймсон — Стэн Ли. Джона, который является главредом газеты «Дейли Бьюгл». Данный персонаж срисован с президента компании «Марвел» — небезызвестного Стэна Ли.