Добрый день!
Данные программы хороши тем что автоматизируют все типовые действия - позволяют загружать первичку, автоматически сдать отчётность, не забыть заплатить налоги, а так же мониторить письма от ФНС, но для нетиповых операций, придется прибегать к помощи бухгалтера - например, возврат переплаты или зачёт средств в счёт оплаты взносов.
Так же программы имеют определенные тестовые периоды, например, Контур Эльба, если зарегистрироваться, в течении 3х мясяцев с момента открытия ИП даест год бесплатного использования с выдачей электронной подписи:
https://kontur.ru/elba?p=z04634