Когда нужно разобраться в каком-то вопросе, имеющем отношение к средним векам, первым делом стоит заглянуть в "Словарь средневековой культуры" под редакцией А.Я. Гуревича (vk.com). Статья про университет в нем тоже есть.
Если хочется глубже проникнуть в эту проблематику, стоит обратиться к ставшей уже классической работе Н.С. Суворова "Средневековые университеты" (М., 1898; переиздана в 2012 году). Несмотря на то, что ее автор был специалистом по истории церковного права, именно это сочинение, пожалуй, остается единственным русскоязычным исследованием, которое дает общее представление о средневековых университетах.
Вписать историю университетов в историю знания позволит книга Жака Ле Гоффа "Интеллектуалы в Средние века", вторая глава которой ("XIII век. Зрелость и ее проблемы" gumer.info) повествует об отношениях университетов и католической церкви, о внутреннем устройстве (и внутренних противоречиях) корпорации, о том, как в Средние века принимали экзамены и как готовились к ним.
Полезно почитать источники, опубликованные, например, в сборнике "Документы по истории университетов Европы XII-XV веков" (Воронеж, 1973) или в книге "Послушник и школяр, наставник и магистр. Средневековая педагогика в лицах и текстах" (М., 1996). Последнюю завершает статья П.Ю. Уварова "Школа и образование на Западе в Средние века" (e-reading.club).
П.Ю. Уваров давно изучает историю средневековых университетских корпораций (он защитил кандидатскую диссертацию про парижский университет и его место в городской жизни) и посвятил ей немало статей, например, "Парижский университет и местные интересы (конец XIV — первая половина XV в.)".
Если же Вы заинтересовались средневековыми университетами настолько, что готовы читать о них не только на русском языке, обратитесь к первому тому кембриджской "Истории университета в Европе" (A History of the University in Europe. Vol. I: Universities in the Middle Ages. Cambridge University Press, 1992). Это самое монументальное и масштабное исследование по этой теме.