Есть позиция Роспатента относительно того, какие изменения необходимо регистрировать. О них вы можете почитать в п. 3 ст. 1232 Гражданского кодекса (
ссылка).
Однако есть и другая позиция - Федеральной налоговой службы. Не стоит забывать, что вознаграждение выплачиваемое за использование товарного знака (или патента) является доходом и должно быть отражено в вашей отчетности, а так же в самом лицензионном договоре, даже если вы его регистрировали без предоставления самого договора в Роспатент. Если вы меняете сумму или порядок выплат, то соответственно вы должны зарегистрировать и дополнительное соглашение к лицензионному договору. В ином случае вы не сможете подтвердить законность своих действий, что будет являться отдельным основанием для вопросов со стороны ФНС.