Думаю что просмотрев примеры последних успешных вирусов можно заключить что в большинстве случаев используется C, C++. Основные причины, это работа с низкоуровневыми вещами, адреса в различной памяти, стек исполнения итд. ОС семейства unix написаны на C, что тоже влияет на выбор языка.