Для работодателя Ваш диплом не будет иметь приоритета, кроме как для галочки о его наличии. В любой деятельности у Вас будет определённый круг обязанностей по Вашей части (имеется ввиду знание каких либо программ итп) и если Ваш будущий начальник увидит Ваши способности, то причин не взять юного нового кадра на работу не будет. Если конечно же Вы хотите идти по специальности. Сначала ответьте себе на вопрос с чем связано поступление в магистратуру и есть ли необходимость в этой дополнительной базе знаний.