Лучше смотреть достопримечательности летом, так как в зимний период, много по улице не нагуляешь.
А пройдись по улочкам с резными палисадами, мимо стареньких вологодских домов с резными наличниками, обязательно рекомендую.
А все остальное зависит только от ваших личных предпочтений.
Любите кружево, то понятно, куда Вам в музей кружева.
Если интересуетесь русским народным бытом, то Вам в музей Семенково. Если православие, история и религия, тогда Вам в Спасо-Прилуцкий монастырь.
Ну и куда же без всеми любимой колокольни Вологодского Кремля, обязательно поднимитесь и полюбуйтесь на город с высоты.
А еще, Кириллов, Белозерск, Ферапонтово, уххххххх....., все и не пересмотреть. Удачи вам.