С юридическими лицами самозанятый работает по договорам гражданско-правого характера. После заключения договора и выполнения работ, нужно составить и подписать акт выполненных работ, а на его основе выставить заказчику счет на оплату. После оплаты необходимо сформировать чек и передать его заказчику.
Физическим лицам достаточно чека (если вобще он им нужен)