Расчёт только по общему числу пассажиров не имеет особого смысла, т.к. не учитывает различий в протяжённости линий. Очевидно, что короткая линия при прочих равных всегда перевозит меньше людей, чем длинная, но тем, кто ездит по ней в набитых вагонах, от этого не легче. Я поделил среднесуточный пассажиропоток (по данным сайта, приведёного в ответе Сергея) на число станций. Данные на сайте по состоянию на декабрь 2016, так что число станций бралось с того же сайта, чтобы на расчёт не влияли станции, открытые в 2017 году. Получилось следующее (за названием линии - средний пассажиропоток на станцию в сутки)
Таким образом, наименее загруженные линии - МЦК, Бутовская и Филёвская. Из "длинных" радиальных линий, идущих через весь город - наименее загруженной по этой методике является Арбатско-Покровская.
ну это, конечно, пофигу, что на ней 3 станции, ага