Все вычеты подаются в одной декларации 3-НДФЛ за прошедший год.
В первую очередь необходимо показать социальные, стандартные, инвестиционные вычеты, т.е. те, что возвращаются ежегодно. В последнюю очередь указываются имущественные (по квартире и ипотеке), т.к. у них нет срока давности.
Подробнее можно посмотреть на сайте Налог-Просто.