Ничтожно малая.
Генетические отличия на уровне пары-тройки целых процентов - это уровень отличия ДНК человека от шимпанзе. И уже этого достаточно для генетической несовместимости: гибрид человека с шимпанзе невозможен (в отличие, например, от гибридов львов и тигров, или ослов и лошадей).
Внутри одного биологического вида различия в ДНК должны быть достаточно малы: иначе невозможно скрещивание и рождение плодовитого потомства. А конкретно у людей генетическое внутривидовое разнообразие меньше, чем у большинства других видов.
Надо также понимать, что если есть набор специфических генетических маркеров какой-то группы людей, то это обычно варианты (аллели) одного и того же гена. Сам ген состоит из сотен или тысяч нуклеотидов, а его аллели обычно отличаются друг от друга одной-двумя-тремя точечными мутациями (одним-двумя-тремя нуклеотидами). То есть, в процентном отношении один маркер отличается от другого, как правило, на доли процента. А по сравнению со всей ДНК процент отличий упадет на несколько порядков: ведь большинство генов и маркерами-то не является.
В целом генетическое отличие одной популяции или рассы от другой меньше отличия между двумя людьми из этих групп. (И, как правило, меньше разницы между многими индивилуумами внутри каждой из групп!) Ведь на индивилуальном уровне добавляются отличия, которые не явояются общегрупповыми маркерами. Например, у африканцев и европейцев представлены все группы крови (аллели соответствующего гена не явояются маркером, отличающим эти группы). Зато у двух людей запросто могут быть разные группы крови и в той и в другой группе. И таких индивидуальных отличий будет намного больше, чем групповых (если только речь не о близких родственниках).
Имеем:
представители одного вида генетически мало отличаются (иначе нет потомства)
люди отличаются друг от друга еще меньше, чем шимпанзе и прочие
рассы отличаются друг от друга меньше, чем отдельные люди
в процентном отношении ко всей ДНК отличия ничтожны, так как обычно связаны с точечными мутациями