В компании д.б. реализованы меры информационой безопасности. Должен быть назначен ответственный за ЭЦП, тот кто пользуется ей наиболее часто. С ним д.б. заключен договор в письменном виде, в нем прописываются меры ответственности и пользования ЭЦП. Хранится ЭЦП только в сейфе. Ознакомьтесь более подробно с мерами информационной безопасности на соответствующих ресурсах.