У вас ДДУ? При ДДУ - после подписания акта приёма-передачи.
Можно сразу, в налоговой инспекции, по итогам года и если достаточный налог заплатили. Можно с каждой зарплаты, "в виде неудержания... обычных 13%" (но сначала всё равно оформляется в налоговой). Выбор - ваш.
База 2 млн руб. - максимум. Если покупка дороже, то это возврат 260 тысяч в любом случае, но в любом случае - не больше. Если дешевле - можно добирать при следующих покупках, временнЫх ограничений нет.