Первый критерий – стоимость ведения счета. Где-то с вас будут брать 500 рублей в месяц, где-то 5 тысяч рублей, для ИП это существенная разница. Также следует узнать, сколько будет стоить вывод денег со счета. В разных банках разные способы будут стоить разных денег, также это может зависеть от вашего месячного оборота. Лучше выбирать те банки, где есть возможность вывести деньги вообще без комиссии (например счет -> карта этого же банка -> банкомат), или плата берется за каждую платежку вне зависимости от суммы (заплатить 120р за перевод раз в месяц всего заработка вполне можно).
Второй по важности момент, это удобство работы с интернет-банком. Чем современнее, тем лучше. Проще всего погуглить рейтинги интернет-банков для бизнеса и смотреть первую десятку. Очень хорошо, когда есть мобильное приложение, это сильно облегчит работу с расчетным счетом.
Третье – наличие и стоимость дополнительных сервисов для ИП. Фрилансеру они чаще всего не очень нужны, но интернет-бухгалтерия может сильно помочь при расчете налогов и взносов в ФФОМС и т.д. Такие услуги предлагают сейчас многие топовые банки.