Методом секвенирования определяют последовательность нуклеотидной цепи. Для каждого штамма характерна своя последовательность. Соответственно если у двух вирусов разная нуклеотидная последовательность, значит, разные штаммы. Существуют базы данных, в которых есть последовательности всех отсеквенированных микроорганизмов. Когда исследователи получают свою последовательность, они её сразу сравнивают с имеющимися в базах данных.