К ним не очень хорошо относились. Прежде всего из-за поведения самих евреев. Довольно-таки агрессивная религия, и соответствующая тактика её адептов. Почитайте в Библии, как поступали при царе Давиде с представителями близкородственных, в общем-то, семитских племён. Некоторые обычаи вызывали полное непонимание. Например, обрезание. В Древней Греции был культ тела (прежде всего, мужского), но были и свои заморочки. Открыть крайнюю плоть считалось совершенно неприличным; практиковалось завязывание её ниткой. А теперь представьте себе картину: еврейские юноши попробовали состязаться в спортивных играх (держава Селевкидов, если не путаю). Что-то как-то их засмеяли. (Из неканонических частей Библии).
*Ответ дополнен. Стоит обратить внимание, что в античности, после расширения европейской культуры на Восток, стало нормой почитать правителя, как божество. Евреи это категорически принять не желали, что вызывало также предсказуемое раздражение.
Далее. Против римской власти они поднимали свирепые восстания, которые подавить удавалось с большим трудом. Римлянам это немного не понравилось.
В некоторых местах евреев особенно не любили. На Кипре любой еврей предавался смертной казни, если он каким-то образом туда попадал. Сейчас точно не смогу сказать источник, но помню такую информацию.