Универсального ответа нет, так как и работа может быть очень разная, и сами команды, и стиль управления.
В разработке программного обеспечения управление достаточно легко и удобно осуществляется через Task Tracker. Причем, он используется даже если все сотрудники работают в офисе.
Из бесплатных мне больше всего нравится
Redmine.