Есть специальные препараты для восстановления микровлоры, например, "Линекс", "Нормабакт". Вообще, их рекомендуют принимать вместе с антибиотиками, но если вы не принимали, то пропейте курс уже после окончания приема антибиотиков.
Пропали из аптек все эти линексы и т.д.