Настройки-доп.опции-настройки содержимого- в личных данных -Показать cookie и данные сайтов. Удаляйте нужное или все сразу нажатием ctrl+shift+esc . Так же можно использовать программу ccleaner там вообще со всех браузеров можно чистить куки и прочий мусор.
В настройках Яндекс.Браузера не существует "Дополнительные опции"