Нужно написать команду /fill координаты (с . . . до . . . "."=координат) и блок-air
в итоге должно получиться /fill . . . . . . air (работает на v1.14.60 точно,а на других версиях я не знаю.
Если вы про точку спавна, для этого есть команда, обычно это что-то типа "/removehome [имя дома]" или "/delhome [имя дома]". Если вы имеете ввиду физически удалить дом, то это можно сделать с помощью динамита).