Как спорить со сторонниками лженаучных взглядов на историю не нарушая норм академической дискуссии?

Никак, так как нормы "академической" дискуссии первыми нарушат апологеты лженауки (любой). Убеждать что-то или доказывать неправоту обычно бывает бессмысленно. В лучшем случае, Ваш оппонент пропустит мимо своих ушей любые "разумные" доводы. В худшем - Вы станете для него еще одним историком "который от народа скрывает правду". Спорить еще потому бессмысленно, что сам факт спора с ними как бы приравнивает их статус к Вашему как специалисту (сведущему). Согласитесь, именно это и нужно лжеисторикам, а Вам - нет. Я уж не говорю о том, что симптоматичным для всех альтернативных взглядов на прошлое является ошибочный тезис в ее основании. Этим грешит, в первую очередь, Новая хронология Фоменко. Все эти теории строятся недалекими дилетантами, которые оправдывают свое неследование правилам лишь тем, что "правилп предумали те, кто хочет все скрыть". В качестве примера попытки такой дискуссии могу посоветовать найти выпуск передачи Гордонкихот с Задорновым. Там собран не только паноптикум таких персонажей как сам Задорнов, Чудинов и Джигурда, но и показано, как такие гореученые умеют "дискутировать".

Над этим, как мне кажется, можно только посмеятся, и то, оно скоро наскучит. Персонажи постоянно повторяются и "не слышат", что им говорят. Да им и не нужно, они делают бизнес, в том числе шоу. А их сторонники - это те, на которых и построен этот гешефт, им можно только посочувствовать. А человеку бывает крайне обидно, когда понимает, что его использовали, он это сразу не примет и не сознается даже себе в том, что ошибался (оно так и с профессионалами). Обычно,в таких случачх говорят, что такие искренне заблуждаются. 

Лечение возможно, но трудно. Для начала лучше выяснить всю теорию, особенно - ее основание, а дальше найти в ней тот самый неверный посыл/посылы. И потом попытаться доказать, почему посыл неверен, от чего сама конструкция, по идее, должна рухнуть сама. С апологетами не получится, а приспешников Вы возможно вразумите, хотя бы к тому, чтобы критически отнестись к собственным представлениям. И всегда помните, "то как оно было на самом деле" - никто не знает, есть лишь более правдоподобные реконструкции на основе релевантных источников.