Чтобы изменить структуру сайта, нужно сделать предварительный анализ.
Подробнее о том, как сделать правильную структуру сайта, читайте в статье по ссылке.
После того, как составите новую структуру, не забудьте настроить 301 редиректы и проследить, чтобы на сайте не образовались дубли страниц.