Ислам в Японии НЕ запрещен и отношение к нему очень толерантное, даже после известных печальных событий с казнью японского журналиста бойцами ИГИЛ.
Гражданство в Японии иностранцам дают только в виде исключения, так что фактор ислама здесь совершенно не при чем.
Мусульмане-иностранцы в Японии живут своей общиной, что называется, никого не трогают и раздражения в местном обществе не вызывают. Есть даже некоторое количество японцев-мусульман, причем с довоенного (!) времени. Исламом интересовались многие видные японские националисты того времени. Исламофобии в Японии нет — ни политической, ни социальной.
есть там много татар казанских мусульман еще с дореволюционных времен