Подождем специалиста, но пока сделаю такое предположение:
Вообще, понятие "спецэффект", думаю, несколько устарело в нашу эпоху motion capture и хромакеев, но все же за один "спецэффект" можно считать либо один объект (персонаж, предмет, симуляция взрыва...), либо одну смоделированную сцену (скажем, персонаж берет предмет и взрывается, лол). Считать покадрово, наверное, не будет никто (да и если бы автор вопроса подумал, то понял бы, что 3000 кадров - крайне мало для такого масштабного фильма, всего 100 секунд эффектов в 30 fps - для фантастики на пару часов). Ну и, в принципе, спецэффектом можно назвать и просто какой - нибудь фильтр, наложенный на видео, или коррекцию резкости/яркости. А что, сделано на компьютере - значит спецэффект, вполне логично. Принцип подсчета, скорее всего, везде свой, но разумнее всего выглядит, если считать по объектам.
___________
Вот сейчас придет специалист, и скажет, что я написал бредятину...