Для этого существует команда xcopy ,например
xcopy /E /I C:\mont E:\mont
где C:\mont исходная папка, E:\mont папка назначения на другом томе или флешке, параметр /E задает копирование всех подпапок даже если они пусты, а параметр /I скрывает запрос о месте назначения. Подробнее читайте здесь