Есть предприятия, которые что-то производят ("церковный олигарх" - Софрино, но есть конторы и помельче), есть частные пожертвования. Важная часть церковного дохода - приходские отчисления в епархию: раз в месяц храмы отправляют в свою епархию процент или фиксированную сумму (в разных епархиях по-разному) - вычет с заработка за свечи, требы, церковные товары.
Как ЗАО. Отчетность не публикует, бабло пилится внутри узкого круга лиц, сам же круг этих лиц и определяет, кто в нем будет. Вот и вся история.