ну во первых вопрос "как рассуждают атеисты?" в крайне не верен т.к. всё же каждый человек, в том числе и атеист - это индивид со своим методом мысли и решений.
но если сильно сократить ответ, то они, как и все обсуждают так же, просто вместо "некого существа" они используют научные факты и теории, а так же причины-следствия.