Очень сильно упрощенно: сильное магнитное поле в буквальнм смысле разоврачивает протоны в теле согласно линиям магнитного поля, а потом когда поле исчезает - протоны возвращаются в свое исходное состояние, при этом испуская импульсы энергии. Датчики регистрируют эту энергию и формируют снимок