Все существующие модели автономной канализации имеют примерно одинаковый принцип действия. Загрязненные потоки по трубам выводятся из дома и попадают в накопитель. Затем начинается медленный процесс отстаивания жидкости. В результате потенциально опасные вещества оседают на днище полимерной емкости. Метод отстаивания с системой дополнительной почвенной очистки жидкости соответствует действующим нормам СанПиН. Такую воду можно отводить в грунт.
Более сложное устройство имеют многокамерные автономные системы, которые разлагают опасные вещества аэробными микроорганизмами. Активные бактерии эффективно расщепляют соединения с образованием нитритов и углекислого газа. Глубоко очищенные стоки можно сбрасывать даже в природный водоем без причинения вреда его обитателям.