В настройках некоторых VPN клиентов на android есть возможность выбрать, какие приложения нужно пустить через VPN. Например, такая возможность есть в клиенте OpenVPN for Android. Можно использовать этот клиент для всех сервисов, работающих через OpenVPN (или своего сервера с поддержкой OpenVPN).
Хотя такая возможность есть не везде, мне вот больше нравится Wireguard из-за более высокой скорости работы, но у него в клиенте нет возможности выбора приложений.
Если вместо VPN для смены IP или обхода блокировок используется прокси или SSH, можно воспользоваться ProxyDroid и выбрать приложения для связи через прокси. На компьютере этот способ задания прокси-сервера для одного приложения проще в реализации, чем VPN. В Linux для VPN на отдельные приложения можно создать отдельную таблицу маршрутизации, привязать её к namespace, и запускать процессы в этом namespace, или завести отдельного пользователя, как в Windows - не знаю, не пользуюсь (google выдал, что наличие этой возможности в Windows зависит от клиента VPN, как на Android). А для задания прокси-сервера в одном приложении на компьютере есть программы-проксификаторы (proxychains в Linux или proxyfier в Windows) или настройки самого приложения, если оно самостоятельно поддерживает прокси.
Я предпочитаю пользоваться proxychains, запуская через него рабочие приложения, а трафик личных приложений идёт напрямую.