Зависит от того, куда пойдет результат и/или для чего проводится анализ.
В общем случае, берется штатное расписание, внутренние документы, и по ним структура накладывается на одну из типовых. У компаний посолиднее обычно есть в том или ином виде описанные бизнес-процессы. Чаще уже оцифрованные, но под оцифровкой всегда есть базовая модель. У компаний "попроще" это либо, как правило, устаревшая нотация, либо текстом/схемами описанная структура. Очень часто ее просто нет.
В зависимости от наличия/отсутствия такой документации, либо документация сопоставляется с фактом и известными моделями, либо все описывается "как есть", затем сопоставляется с моделями. В ходе таких процедур еще очень интересно бывает сопоставить "как есть" фактический с номинальным (который в голове у владельцев/директоров/сотрудников). Полезно.
Как делать:
Строго говоря, нужно определить какие штатные единицы в каких подразделениях выполняют какие функции, как влияют на общий результат, в каких взаимоотношениях находятся. Какие есть процессы и процедуры, и перекрываются ли они штатным расписанием, автоматизациями и т.д.
На практике, это довольно трудоемкая задача.