Есть ряд способов если не совсем исключить эффект Плацебо из эксперимента, то сделать его влияние минимальным (собственно, как с любым случайным неконтролируемым параметром в любом научном эксперименте).
Эксперименты проводятся на большом количестве пациентов, поделенных случайным образом на две, реже три группы. Первая группа принимает исследуемое лекарство. Вторая - принимает "пустышку", во всем, кроме содержимого, идентичную лекарству. Третья (если делается) - контрольная, не принимает ничего. Разумеется, пациенты, принимающие таблетки, не знают, в какой именно группе они находятся, и принимают они лекарство или "пустышку". Более того, эксперимент для пущей чистоты может быть поставлен так, что сами медики не знают, кто что принимает, а знает только комиссия, наблюдающая за исследованиями (двойное слепое исследование) или вовсе только компьютерная система, в которой ведется этот учет (тройное слепое исследование).
Да, про контрольную группу добавить забыл.