Есть специальные составы - карабельные краски и лаки, которые рассчитаны много лет подряд находиться под водой или во влажном состоянии. Правда, желательно свежую древесину отрабатывать, а не уже гниющую.
Так в том и проблема, что нужно уже гниющую...