Существует три основных метода кластеризации, ручной, автоматический и полуавтоматический.
Ручной метод кластеризации подойдет для небольшого семантического ядра. Автоматический для ядра с большим количеством запросов. Я предпочитаю полуавтоматический. Сначала использую сервисы для кластеризации запросов, а после этого вношу правки вручную.