Во-первых, нужно понять, что такое научный сайт. Был опыт работы с двумя сайтами-журналами научных публикаций, где за счёт уникального контента публикуемых статей трафик доходил до 100 000 уникальных посетителей в месяц, который удавалось монетизировать при помощи рекламных блоков.
В принципе аудит любого сайта как минимум должен содержать технический аудит и аудит конкурентов тематики.
Для коммерческих сайтов добавляется еще аудит коммерческих факторов, который частично пересекается с аудитом конкурентов.
Если сайт предполагает взаимодействие с пользователем по достижению каких-то действий (конверсий), то полезен аудит юзабилиити.
Аудиты по своей сути не зависят от тематики.
Возьмите чек-лист для проверки - в сети их достаточное количество.
Нужна помощь - обращайтесь, окажу содействие.