Для того, чтобы индейцы смогли дать отпор, это должны быть совсем другие индейцы. То есть это слишком глубокая альтернатива для того, чтобы её можно было бы, да и имело бы смысл описывать.
Единственный вариант, который я примерно могу вывести от Америки, несильно отличающейся от современной - это если бы индейцы вступили в серьёзный контакт с европейцами (да хоть и азиатами или африканцами), подцепили бы от них основную часть болезней, заимствовали пул технологий железного века, но потом произошёл бы разрыв контакта на несколько веков. Скажем, викинги бы там несколько задержались, или римляне бы туда добрались незадолго до развала Империи...
Тогда массовое вымирание индейцев произошло бы уже вне контакта с более развитой цивилизацией и к моменту нового контакта уже развился бы иммунитет. Оружие на уровне железа или развитой бронзы выглядит уже не так плохо в сравнении с тем, что было у конкистадоров Кортеса. И, самое главное, могли бы существовать уже и какие-то домашние животные - или ввезённые из Старого Света, или одомашненные на месте по аналогии (бизоны, лоси, северные олени...).
Тогда испанцев могло бы встретить относительно развитое государство/несколько государств раннесредневекового уровня развития. Их едва ли удалось бы "снести" сходу, как Ацтекскую гегемонию. Но, так или иначе, континент, скорее всего, всё равно оказался бы под контролем Европы. Сыграли бы роль и внутренние распри, и религиозный фактор (едва ли индейцы успели бы создать мировые религии), и всё равно существенное технологическое преимущество.
Северная Америка, скорее всего, оказывается примерно на уровне развития доколониальной Африки. Но она при том была бы несколько менее интересной западноевроепйцам по климатическим причинам. Поэтому, наверное, юг её оказался бы под контролем европейцев, а север мог остаться независимым или уйти под Россию (которая в 17 веке тоже туда добирается - с запада).
Вот Южная Америка, где при таком развитии событий возникает некая великая речная цивилизация калибра Китая, могла и устоять. А могла и быть захвачена - примерно как Индия. Но, как и Индия, вряд ли в исторических масштабах времени надолго.
В крайнем случае, ассимиляция пошла бы с юга, от ассимилированных народов Латинской Америки.