В правом, верхнем углу личного кабинета Яндекс Деньги есть кнопка "пополнить". Надо нажать на эту кнопку и откроется страница с выбором способов пополнения. И первым вариантом будет пополнение с банковской карты. Вводите данные крты, сумму и пополняете.