Если у вас стоит рут, то, наверняка, должна стоять программа, вроде android root, которая предназначена для регламентирования рута другим программам. Одна из функций этой програимы - отображение списка всех программ с рутом. Есть вероятнось, что вирус будет в этом списке. Подчеркну: он может быть у вас, но не отображаться в списке, но попробовать стоит.
Так же полезно прогнать свой телефон антивирусом. А так же следить за потреблением трафика. Если ваш фонарик вдруг жрет мегабайты, то что-то здесь не так...