Здравствуйте!
Если сумма налоговых вычетов превышает исчисленную вами сумму НДС, "входной" НДС подлежит возмещению.
ФНС возмещает налог на основании представленной налоговой декларации, если не выявит нарушений в ходе камеральной проверки.
Таким образом, для возмещения НДС, нужно подать декларацию + заявление о возмещении НДС.
С уважением.