В самой природе водород в чистом виде встречается в весьма малых количествах, если не считать космического пространства, Однако, и там его концентрация невелика, да и на данный момент его добыча в космосе не освоена.
Поэтому сейчас можно рассматривать водород исключительно как форму сохранения энергии, полученной из других источников.
На данный момент большая доля водорода получается из природного газа. Постепенно развивается производство водорода электролизом, его в принципе возможно сделать экологически чистым, и при увеличении производства электроэнергии и уменьшении её стоимости этот метод вполне может стать основным.
Однако, если будут развиты крупнотоннажные биотехнологические методы получения метана и прочих углеводородов, получение водорода из них может остаться актуальным и даже быть экологичным.
Разработаны фотокаталитические методы разложения воды с образованием водорода и кислорода. Данные методы пока не очень производительны, и их производительность сильно привязана к освещённости в месте установки. Также под вопросом остаётся ресурс фотокатализаторов. Однако, это направление развивается, и перспективы у заключения солнечной энергии в водород есть, в том числе и связанные с экологией.