"Самозанятые" - это физические лица, изъявившие платить налог на профессиональный доход. Перед тем, как на него перейти и устанавливать приложение, удостоверьтесь, что в Вашем регионе он применим, проверьте возможность его применения по виду деятельности, оцените не лучше ли открыть ИП и применить налог на профессиональный налог к своему ИП. После чего: установите приложение "мой налог" на телефон, зарегистрируйтесь и вуаля! Самое главное понимать зачем Вам это нужно, и как Вы будете работать. Ну например, если Вы хотите работать в такси, то являясь физическим лицом, без регистрации ИП и встав на учет как плательщик налога на профессиональный налог, Вы не сможете получить лицензию на "перевозку таксомотором". Работа без лицензии - это уже преступление, хоть Вы и будете платить налоги. Вывод = в данном случае логично - ИП, потом налог на профессиональный налог, получение лицензии, партнерское соглашение с банком для формирования чеков, договор с яндекс-такси (например). Ну а дальше - путевые листы, медосмотры, техосмотр 2 раза в год, ежедневные техосмотры, повышенный тариф на страховку и пр.
в приложении Мой налог все автоматизировано, включая льготы.