Обычно заходишь в настройки какой нибудь программы (например, Skype) и там всегда есть пункт, что-то вроде "Запуск Skype при старте Windows". Надо просто убрать галочку.
win+r
msconfig для win 7-8 не видить отображает все процессы запуска. через ccleaner можно увидить значительно больше процессов и задачь. и выключить не только ссылки и другие не актуальные программы
Нажмите комбинацию Win+R, введите msconfig, перейдите в меню автозагрузка, снимите нужные галки, перезагрузитесь.
Можно конечно и через реестр, но метод выше намного проще и удобнее.
Введите в пуске "msconfig.exe" и запустите данную программу. Во вкладке "Автозагрузка" снимите флажки с программ, которые не должны запускаться при старте системы.