Молекула — это мельчайшая частица вещества. Она обладает всеми химическими свойствами вещества и состоит из атомов. Разберём на примере воды.
Вода — это вещество. Оно состоит из множества молекул воды. Формула молекулы воды — H2O. Она означает, что молекула воды состоит из двух атомов водорода (H) и одного атома кислорода (O). Каждая молекула воды по отдельности обладает теми же химическими свойствами, что и всё вещество в целом.
Молекулы вещества связаны между собой относительно непрочными невидимыми связями (разорвать связь между атомами куда тяжелее, чем между молекулами). Чем твёрже вещество, тем устойчивее эти связи. Соответственно, в газообразном состоянии они практически отсутствуют, потому и объём такого вещества больше.
Собственно, ответ на вопрос: молекулу вещества можно увидеть в электронный микроскоп, правда изображение будет бесцветным. Самой крупной молекулой является, пожалуй, ДНК. Человеческая хромосома состоит из двух молекул ДНК, и её (хромосому) можно разглядеть даже в световой микроскоп. Но если вы хотите рассмотреть молекулу вблизи, вам нужен электронный микроскоп.
На "Дзене" в своей статье "Состав бытия" я подробно описал, из каких частиц состоит мир.